Ações em educação escolar indígena tem marcado as trajetórias da Anaí desde a sua fundação. Já em 1981, em parceria com o Centro de Trabalho Indigenista – CTI, que realizava então um projeto de desenvolvimento sustentável entre os Kiriri, a Anaí realizou um trabalho de alfabetização de adultos junto a esse povo. Dentre outros elementos, o projeto abrangia atividades de preparação de material didático e capacitação de monitores indígenas em educação. Pioneira em toda a região, esta atividade parece ter deixado marcas significativas, posto que os monitores formados pela Anaí viriam a se tornar, no início da década seguinte, os primeiros professores indígenas não funcionários da Funai no estado e, mais que isto, a desencadear e liderar, na mesma época, um importante movimento por educação escolar indígena específica e diferenciada.
Em 1983 a Anaí, que já desenvolvia o projeto de educação com os Kiriri, iniciou, com apoio de um programa da Fundação Pró Memória do Ministério da Cultura, projeto de “educação alternativa” com os Pankararé, que eram, à época, um povo apenas recém “reconhecido” pela Funai e sem nenhuma estrutura escolar.
Os anos que se seguiram à promulgação da Constituição Federal de 1988, no início da década de 1990, foram de intensificação de atividades indigenistas em parceria com políticas públicas, destacadamente também na área de educação escolar indígena. Esse novo contexto veio a exigir um esforço de profissionalização das organizações indigenistas da sociedade civil, no qual a Anaí também se engajou.
Dedicação especial à promoção da educação específica e diferenciada nas comunidades indígenas, a partir do novo marco constitucional, tem sido marcante na atuação da Anaí, seja pela firme crítica às omissões e precariedades das políticas públicas governamentais, seja pela mobilização de meios alternativos, complementares ou mesmo oficiais.
Paralelamente, nossas parcerias com os povos indígenas e seus educadores nos permitiram produzir os primeiros conteúdos sobre temática indígena para escolas não indígenas na Bahia, do que a cartilha “Recontando a História dos Índios no Brasil”, de 1992, é importante marco.
Em 1995 e 1996 a Anaí promoveu os dois primeiros grandes encontros de professores indígenas na Bahia e, após esses encontros, resolveu, cjunto com os educadores indígenas, organizar, diretamente, o primeiro curso de formação de professores indígenas no estado. Para tanto, contou com apoio da Ufba para o planejamento do curso, da Funai para alimentação e transporte dos cursistas e do MEC para deslocamento e remuneração dos formadores.
Vale ressaltar que a Anaí assumiu praticamente sozinha toda a organização e logística dos dois primeiros módulos do curso, realizados em 1997 e 1998 em comunidades indígenas, além de participar do seu planejamento pedagógico.
Em 1998, a Anaí e o Pineb/Ufba realizaram o “Diagnóstico de Educação Escolar Indígena” no extremo-sul da Bahia, sob encomenda do MEC.
A partir de 2001, com apoio do MEC, a Anaí realizou oficinas de produção de materiais didáticos com professores indígenas das etnias Pataxó, Pataxó Hãhãhãi e Tupinambá, por iniciativa e sob coordenação de associados e diretores.
A instituição participou, também, de programas de formação de professores indígenas em outros estados: em Minas Gerais, de 1995 a 2002, em consultoria para acompanhamento das etnias Pataxó e Xacriabá e também em atividades de formação; no Ceará, na formulação do programa de magistérios indígenas em suas duas vertentes finais, a da SEE e a da Funai, UFC e ONGs, e como formadora na segunda; e em Pernambuco, em consultoria ao projeto “Escola de Índio” do CCLF – Centro de Cultura Luiz Freire, para acompanhamento da etnia Kapinawá.
Já em 2003 e 2004, a Associação realizou o PIC-PI, Programa de Educação Continuada, do Ministério da Educação, voltado para os professores indígenas do estado da Bahia.
Em 2007 a Anaí publicou três livros didáticos, elaborados por professores indígenas Tupinambá e Pataxó, distribuídos nas escolas indígenas. Essa ação atingiu diretamente cerca de 250 professores indígenas na Bahia e 300 em Minas Gerais; e cerca de 5000 estudantes indígenas nos dois estados.
A partir de 2008, a Anaí seguiu desenvolvendo atividades vinculadas à educação através do seu Ponto de Cultura “Pinaíndios – Culturas em Rede”, implantado com apoio da Secretaria de Cultura da Bahia, o que dinamizou e potencializou as ações da instituição nas áreas de divulgação, formação, publicação, documentação e manutenção de acervos, sempre em parceria com os povos indígenas na Bahia e tendo como objetivo principal a promoção de iniciativas que propiciem o diálogo intercultural entre povos indígenas e a sociedade nacional, no sentido de diminuir o preconceito e o abismo sociocultural que separam os povos indígenas dos demais segmentos sociais.
O projeto Cunhataí Ikhã é uma iniciativa da Anaí para formação de “meninas” indígenas que, de 2018 a 2022, contou com apoio inicial do Malala Fund (Fundo Malala), organização internacional criada pela paquistanesa Malala Yousafzai, que se tornou, em 2013, a mais jovem ganhadora do Prêmio Nobel da Paz. A parceria foi firmada durante visita de Malala a Salvador, a 12 de julho de 2018, e, como todas as iniciativas do Fundo, teve o objetivo de promover a educação secundária de meninas adolescentes. O projeto foi concebido pela direção da Anaí e por jovens estudantes indígenas da Ufba com o objetivo de promover o acesso e a qualidade do ensino secundário para meninas indígenas no Estado da Bahia.
Em 2021, a Anaí inicia o Curso Pré Universitário Jenipapo Urucum para mulheres indígenas de todo Brasil. Com uma proposta inovadora, para além de aumentar a participação de mulheres indígenas nas universidades brasileiras, o projeto tem o o objetivo de trabalhar o empoderamento feminino, o fortalecimento cultural, a equidade de gênero dentro dos espaços de conhecimento, encorajar o lugar de fala dessas mulheres dentro e fora de suas comunidades, bem como combater o racismo e o preconceito. O curso, totalmente online, tem material didático elaborado e pensado especificamente para as meninas e mulheres indígenas. Além das aulas e monitorias, planos de estudo individuais são organizados para cada menina e mulher do projeto, a partir dos seus projetos pessoais.